La Pinacoteca accoglie, oltre alle principali tavole di Matteo da Gualdo, significative opere di età rinascimentale di scuole umbre e marchigiane, tra cui le opere di Antonio di Fabriano, del senese Sano di Pietro, di primitivi umbri di scuola veneta del cinquecento e di Gerolamo di Bernardo da Gualdo. Merita una menzione speciale, lo splendido polittico di Niccolò di Liberatore, detto l’Alunno, del 1471 esposto nella Sala del Polittico e considerato il capolavoro assoluto del pittore folignate. Esso fu commissionato per la Chiesa di San Francesco a Gualdo Tadino, dov’era conservato fino all’inaugurazione del Museo Civico nel 1999.
La sezione dedicata alle ceramiche artistiche espone manufatti risalenti al XV secolo e un’ampia raccolta di opere a lustro oro e rubino prodotte tra la fine dell’Ottocento e la prima metà del Novecento, che mettono in piena evidenza la grande fioritura di questa importante manifattura artistica nella città, con particolare riguardo alle grandi personalità locali, Paolo Rubboli e Alfredo Santarelli.
All’interno del Museo Civico Rocca Flea è inoltre possibile ammirare una serie di paramenti, arredi e corredi, che fanno parte della sua storia, oltre alla presenza di affreschi, come la particolarissima rappresentazione della Trinità secondo l’iconografia del Vultus Trifrons all’interno dell’antica chiesa dedicata a S. Angelo de Flea del X secolo, che fu inglobata all’interno del primo nucleo della fortezza.